Subvarianta omikronu by neměla způsobovat horší průběh nemoci ani nejspíš nezvýší počet hospitalizací.
V některých zemích již převládá tzv. subvarianta omikronu BA.2. Ta vznikla z původního omikronu a někdy se označuje také jako „neviditelný omikron“. Oproti své původní variantě má několik odlišností a 28 nových mutací. Tyto rozdíly mohou vést také k různým odlišnostem ve vlastnostech, které se mohou projevit infekčností, přenosností i účinností vakcíny.
Subvarianta omikronu se objevila již ve 35 zemích světa. Nejvíc zastoupená je prozatím v Dánsku. Tam na začátku ledna tvořila varianta BA.2 pětinu případů, o týden později jich bylo okolo 45 % a v současnosti zde tento typ koronaviru tvoří nadpoloviční většinu. Oproti tomu „původní“ omikron v populaci klesal. Varianta tedy svého původce vytlačuje, avšak vědci doposud neví proč.
V některých zemích zároveň PCR testy nejsou schopny tuto variantu odhalit. Nemá totiž jednu z mutací, která se odlišuje od původní kmenové varianty alfa. Změny, které varianta BA.2 nese oproti prvotnímu omikronu, by nejspíš neměla nová varianta mít lepší schopnost bojovat proti protilátkám. To alespoň naznačuje první analýza Bloom Lab.
Podle Státního zdravotnického ústavu se navíc jedná o plnohodnotnou variantu koronaviru, která není pouze subvariantou omikronu. „Často v posledních dnech médii dotazovaná varianta BA.2 byla popsána 6. 12. 2021 a původně kategorizována jako subvarianta omikronu (B.1.1.529) a jako příbuzná sublinii BA.1., která je v ČR dominantní. Podle posledních poznatků se však zřejmě jedná o s omikronem nepříbuznou subvariantu,“ píše SZÚ.

I přesto se ale vědci shodují, že by tato subvarianta měla znamenat více hospitalizací nebo těžkých průběhů nemoci. Může se ale stát to, že nová varianta původní omikron vytlačí. V České republice je zatím potvrzen jediný případ na Ostravsku. U dalších 173 případů nakažených existuje podezření, že by se o BA.2 mohlo jednat.