V některých zemích již převládá tzv. subvarianta omikronu BA.2. Ta vznikla z původního omikronu a někdy se označuje také jako „neviditelný omikron“. Oproti své původní variantě má několik odlišností a 28 nových mutací. Tyto rozdíly mohou vést také k různým odlišnostem ve vlastnostech, které se mohou projevit infekčností, přenosností i účinností vakcíny.

Subvarianta omikronu se objevila již ve 35 zemích světa. Nejvíc zastoupená je prozatím v Dánsku. Tam na začátku ledna tvořila varianta BA.2 pětinu případů, o týden později jich bylo okolo 45 % a v současnosti zde tento typ koronaviru tvoří nadpoloviční většinu. Oproti tomu „původní“ omikron v populaci klesal. Varianta tedy svého původce vytlačuje, avšak vědci doposud neví proč.